Гваттари вырос в рабочем пригороде к северо-западу от Парижа. Он учился у известного психоаналитика Жака Лакана, а затем до самой своей смерти, наступившей в результате сердечного приступа, работал под началом ученика Лакана Жана Ури в психиатрической клинике «La Borde». Профессионально занимаясь психотерапией, Гваттари стал резким критиком психоанализа как идеологии, встроенной в систему полицейского государства. Взамен разработал (в соавторстве с Делёзом) концепцию шизоанализа, в значительной мере направленного на преодоление психоанализа и критику капитализма в его связи с шизофренией. Принимал активное участие в леворадикальном революционном движении 1960-х (по словам самого Гваттари, «в двадцать пять лет я был вполне счастлив, будучи одновременно троцкистом, анархистом, фрейдистом, последователем Лакана и плюс к тому ещё и марксистом»). С 1955 по 1965 год был автором статей и редактором антиколониальной троцкистской газеты «La Voie Communiste» («Коммунистический путь»). В 1967 году был соучредителем Организации солидарности и помощи революции в Латинской Америке. Также состоял в «Центре инициатив по созданию нового пространства свободы», в движениях солидарности с народами Вьетнама и Алжира, в организации дружбы Франции и КНР. Участвовал в протестах «Красного мая» 1968 года, после которых и встретился с Жилем Делёзом. В 1970-х, проводя много времени в Италии, сблизился с местными автономистами. Резко выступая против бюрократизации и формализации как в политике, так и в науке, он находил идеи развития революционной спонтанности и творческого потенциала масс в опыте В. И. Ленина и Антонио Грамши. В 1978 году Гваттари нелегально проник на палестинскую территорию с целью организации палестино-израильских переговоров. Хотя лучше всего известны труды Гваттари, написанные в соавторстве с Делёзом, он оставил и большое количество собственных монографий — «Психоанализ и трансверсальность» (1972), «Молекулярная революция» (1977), «Машинное бессознательное» (1978), «Шизоаналитические картографии» (1989).
